Музейный фонд является фундаментальной основой деятельности музея. По состоянию на декабрь 2008 г. он насчитывает 10 221 ед. хранения: 5 258 ед.хр. - предметов основного фонда и 4 963 ед.хр. - научно-вспомогательного фонда (без учета фондов филиалов УГВИМ).

Состав музейного собрания весьма разнообразен. В нем представлены следующие коллекции: редких книг; документов; фотографий и негативов; нумизматики; вещественных материалов.